Το δε 1958-59 στο Κύπελλο Πρωταθλητριών συμμετείχε για πρώτη φορά ο Ολυμπιακός ο οποίος είχε αναδειχθεί πρωταθλητής με το παρακάτω σύστημα:
1958-59
Στο Εθνικό Πρωτάθλημα συμμετείχαν οι τρεις πρώτοι του πρωταθλήματος Αθήνας (Παναθηναϊκός, Πανιώνιος, ΑΕΚ), δύο απ' το πρωτάθλημα Πειραιά (Ολυμπιακός και Εθνικός), τρεις απ' το πρωτάθλημα Θεσσαλονίκης (Άρης, ΠΑΟΚ, Απόλλων Καλαμαριάς) και δύο απ' τα επαρχιακά πρωταθλήματα (Δόξα Δράμας και Παναιγειάλιος).
Συνολικά 10 ομάδες: Παναθηναϊκός, Πανιώνιος, ΑΕΚ, Ολυμπιακός, Εθνικός, Άρης, ΠΑΟΚ, Απόλλων Καλαμαριάς, Δόξα Δράμας και Παναιγειάλιος.
Πρωταθλητής Ελλάδος αναδείχτηκε ο Ολυμπιακός.
Επομένως η UEFA αναγνώρισε ακριβώς αυτόν τον τρόπο διεξαγωγής.