Στις εκλογές της 2ας Ιουνίου 1985, το ΠΑΣΟΚ με σύνθημα «Ακόμα καλύτερες μέρες» εξασφαλίζει ποσοστό 45,82% και 161 έδρες και εδραιώνει την κυριαρχία του στην ελληνική πολιτική ζωή. Ο Ανδρέας γνωρίζει καλά --οικονομολόγος ο ίδιος-- ότι οι οικονομικές παροχές της πρώτης τετραετίας, που ήταν απαραίτητες βέβαια για την αναβάθμιση του χαμηλού βιοτικού επιπέδου του μέσου Έλληνα, δεν μπορούσαν να συνεχιστούν.
Στη Διεθνή Έκθεση Θεσσαλονίκης, λίγους μόνο μήνες μετά την επανεκλογή του, προαναγγέλλει την εφαρμογή πολιτικής λιτότητας διετούς διάρκειας. Στόχος, ο περιορισμός των ελλειμμάτων στον δημόσιο τομέα και στο ισοζύγιο πληρωμών. Το πρόγραμμα αναλαμβάνει να εφαρμόσει ο υπ. Εθνικής οικονομίας Κ. Σημίτης. Περιλαμβάνει υποτίμηση της δραχμής κατά 15% και ουσιαστική ακύρωση της τιμαριθμοποίησης μισθών και ημερομισθίων, και προκαλεί έντονες αντιδράσεις σε κοινωνικό και συνδικαλιστικό επίπεδο. Η λαϊκή αυτή δυσαρέσκεια που έχει ήδη αποτυπωθεί στο αποτέλεσμα των δημοτικών εκλογών του 1986, οδηγεί σε αιφνίδια αλλαγή της οικονομικής πολιτικής από τον ίδιο τον Ανδρέα μέσα στη Βουλή κατά την παρουσίαση του προϋπολογισμού του 1988, και σε παραίτηση τον Κ. Σημίτη. Η δεύτερη κυβερνητική θητεία δεν διαθέτει την έμπνευση και τον μεταρρυθμιστικό ρυθμό της πρώτης και αναδεικνύει τις αδυναμίες του ΠΑΣΟΚ.
Συγχρόνως η ΝΔ, επικουρούμενη από την Αριστερά, ξεκινάει μια σειρά καταγγελίες για χρηματισμό πολιτικών, κρατικών στελεχών και μεσαζόντων. Σημαντικό ρόλο στη σκανδαλολογία παίζει και ο Τύπος, ενώ η ταχύτατη ανάδειξη του Γ. Κοσκωτά στο χώρο του Τύπου δημιουργεί αντιπαράθεση με τους μεγάλους εκδότες. Η σύλληψη Κοσκωτά στην Ουάσινγκτον τον Οκτώβριο του 1987, από όργανα της αμερικανικής υπηρεσίας φορολογικής δίωξης, συνταράσσει την κοινή γνώμη. Την ίδια χρονιά ο Κ. Μητσοτάκης θέτει στη Βουλή θέμα τηλεφωνικών υποκλοπών. Την επόμενη χρονιά φουντώνει το σκάνδαλο Κοσκωτά. Στο σκάνδαλο εμπλέκουν τον ίδιο τον Ανδρέα. Ο ίδιος, μιλώντας στην Κοινοβουλευτική Ομάδα του ΠΑΣΟΚ, χαρακτηρίζει το θέμα αποτέλεσμα της βαθιάς κρίσης του πολιτικού κόσμου και της κοινωνίας και αναλαμβάνει την πολιτική ευθύνη των σκανδάλων. Στην κρίσιμη αυτή στιγμή η σοβαρή καρδιολογική ασθένεια του Ανδρέα και η αιφνίδια αναχώρησή του για το Λονδίνο (συνοδεύεται από την αεροσυνοδό Δήμητρα Λιάνη), τον Αύγουστο του 1988, αποτελεί τον κυρίαρχο παράγοντα των εξελίξεων. Υγεία και προσωπική ζωή του Ανδρέα γίνονται τα προσφιλή θέματα του Τύπου. Ο ίδιος αρνείται να ορίσει διάδοχο, και αναθέτει μόνο αρμοδιότητες στους δύο αντιπροέδρους της κυβέρνησης, Μ. Κουτσόγιωργα και Γ. Χαραλαμπόπουλο. Στις 30 Σεπτεμβρίου χειρουργείται στο νοσοκομείο Χέρφιλντ από τον καρδιοχειρουργό Μ. Γιακούμπ. Η συμπεριφορά ορισμένων φίλων ή «παρατρεχάμενων» κατά το διάστημα της νοσηλείας του στο Λονδίνο, προκάλεσε συχνά την κοινή γνώμη.
Επιστρέφει στις 22 Οκτωβρίου. Στο αεροδρόμιο πλήθος οπαδών του τον αποθεώνει μόλις εμφανίζεται στη σκάλα του αεροπλάνου. Αργότερα, σχολιάζοντας την υποδοχή, έλεγε: «αισθάνομαι βαρύτατη την ευθύνη όταν τόσες ελπίδες εναποθέτονται σε ένα πρόσωπο». Οι ίδιοι όμως που τον αποθεώνουν, παγώνουν τη στιγμή που με ένα νεύμα επισημοποιεί το δεσμό του με τη Δ. Λιάνη. Η επιστροφή του στην Ελλάδα και η επάνοδος στην ενεργό πολιτική δημιουργούν κλίμα δυσφορίας σε διάφορους πολιτικούς κύκλους, αντιπολιτευόμενους και μη. Η σκανδαλολογία φουντώνει και εστιάζεται στο πρόσωπο του Κοσκωτά. Η λέξη «κάθαρση» περνάει στην πρώτη γραμμή της ελληνικής ζωής. Το κλίμα γίνεται ιδιαίτερα βαρύ για το ΠΑΣΟΚ, ειδικά όσο πλησιάζουν οι εκλογές του Ιουνίου 1989, και ο Ανδρέας φαίνεται ότι χάνει τον έλεγχο των εξελίξεων.
Εξωτερική πολιτική
Η κρίση στις ελληνοτουρκικές σχέσεις τον Μάρτιο του 1987, οπότε οι δυο χώρες φτάνουν στα πρόθυρα πολεμικής σύρραξης, και ο τρόπος αντιμετώπισής της, δείχνει την αποφασιστικότητα καθώς και την πολιτική και διπλωματική ικανότητα του Ανδρέα. Η κρίση αρχίζει με την τουρκική πρόθεση έρευνας σε περιοχή της ελληνικής υφαλοκρηπίδας από το τουρκικό σκάφος «Πίρι Ρέις». Η ένταση κλιμακώνεται ταχύτατα. Ο Ανδρέας προχωράει σε εντυπωσιακή πολεμική κινητοποίηση, προειδοποιώντας τη Δύση για τις επιπτώσεις που θα είχε στην περιοχή και στο ΝΑΤΟ μια σύρραξη μεταξύ δυο χωρών μελών του. Η μεταφορά προσωπικού μηνύματος του Ανδρέα στον βούλγαρο πρόεδρο Ζίβκοφ, από τον ΥΠΕΞ Κ. Παπούλια, είναι μια κίνηση με διπλή σημασία: Προσπάθεια εξασφάλισης μη βουλγαρικής επίθεσης αφενός, αφετέρου απειλή προς το ΝΑΤΟ για αποχώρηση από τη Συμμαχία και προσφυγή στη βοήθεια του ανατολικού μπλοκ. Οι ενδεχόμενες επιπτώσεις στην ευρωπαϊκή προοπτική της Τουρκίας από μια σύρραξη, οδηγούν τον τούρκο πρωθυπουργό Τουργκούτ Οζάλ σε απόσυρση του ερευνητικού σκάφους. Με την εκτόνωση της κρίσης αρχίζει η αντίστροφη μέτρηση για τη συνάντηση του Νταβός, στα τέλη Ιανουαρίου του επόμενου χρόνου. Η συμφωνία για «μη πόλεμο», όπως παρουσιάζεται στο κοινό ανακοινωθέν των δυο πλευρών, ανατρέπει τις γνωστές θέσεις του Ανδρέα για τις ελληνοτουρκικές σχέσεις. Αργότερα χαρακτήρισε τη συμφωνία του Νταβός από το βήμα της Βουλής «mea culpa».
Η κυβέρνηση, σε μια προσπάθεια αντιμετώπισης της τουρκικής απειλής, συνεχίζει και τη δεύτερη τετραετία τη βελτίωση των σχέσεων με τις γειτονικές βαλκανικές χώρες. Οι σχέσεις με την Αλβανία παρουσιάζουν την πιο σημαντική εξέλιξη από πολιτικής πλευράς με την άρση (το 1986) της εμπόλεμης κατάστασης που διαιωνιζόταν από τον Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο. Η δεύτερη κυβερνητική θητεία του ΠΑΣΟΚ και δεύτερη περίοδος των ελληνοκοινοτικών σχέσεων χαρακτηρίζεται από τη μεταρρύθμιση της ΕΟΚ με την «Ενιαία Ευρωπαϊκή Πράξη». Η κυβέρνηση επαναδιαπραγματεύεται ορισμένους όρους που αφορούν ειδικές συνθήκες της ελληνικής οικονομίας και κατέληξε σε συμφωνία για τις συνθήκες σύγκλισης της χώρας. Στη δεύτερη ελληνική προεδρία, το 1988, καταγράφεται η πλήρης αποκατάσταση των ελληνοκοινοτικών σχέσεων. Δείγμα της στροφής της κυβερνητικής πολιτικής έναντι της ΕΟΚ, το υπόμνημα του ελληνικού ΥΠΕΞ προς τη Βουλή, όπου καταγράφονται τα οφέλη της χώρας από την ένταξή της και οι νέες θέσεις υπέρ μιας ομοσπονδιακής επιλογής της Ευρώπης.
Στις αρχές του 1989 ο πρόεδρος της ΝΔ Κ. Μητσοτάκης, ο γ.γ. του ΚΚΕ Χ. Φλωράκης, ο ηγέτης της ΕΑΡ Λ. Κύρκος και ο πρόεδρος της ΔΗΑΝΑ Κ. Στεφανόπουλος ζητούν από τον Πρόεδρο της Δημοκρατίας Χρ. Σαρτζετάκη να «ασκήσει τις αρμοδιότητές του για την ομαλή έξοδο από την κρίση, με άμεση προσφυγή στις κάλπες». Ο Ανδρέας χαρακτηρίζει τη συμπόρευση των τεσσάρων «αφύσικο φαινόμενο με μοναδικό στόχο να φύγει το ΠΑΣΟΚ και ο Ανδρέας Παπανδρέου». Στις προεκλογικές του ομιλίες κάνει έντονες αναφορές στη στάση του Κ. Μητσοτάκη στην αποστασία του ΄65 και επικρίνει την Αριστερά ότι ξέχασε τόσο γρήγορα τις παλιές γνωστές θέσεις της για το ρόλο των ξένων κέντρων αποφάσεων στην Ελλάδα.
Οι εκλογές της 18ης Ιουνίου 1989 διεξάγονται σε κλίμα ακραίας πόλωσης μεταξύ ΠΑΣΟΚ και λοιπών πολιτικών δυνάμεων. Το αποτέλεσμά τους αφενός επιβεβαιώνει την αναμενόμενη πτώση του κυβερνώντος κόμματος, αφετέρου αποδεικνύει ότι το ΠΑΣΟΚ διαθέτει έναν «σκληρό πυρήνα» ψηφοφόρων. Υπό τις κρατούσες συνθήκες το ποσοστό του 39,1% και οι 125 έδρες του ΠΑΣΟΚ καταγράφονται ως μη αρνητικό αποτέλεσμα. Η ΝΔ λαμβάνει ποσοστό 44,5%, και 145 έδρες (λόγω του νέου αναλογικού εκλογικού συστήματος), επομένως δεν εξασφαλίζει αυτοδύναμη κυβέρνηση. Η διερευνητική εντολή σχηματισμού κυβέρνησης που λαμβάνει η ΝΔ από τον Πρόεδρο της Δημοκρατίας δεν έχει αποτέλεσμα. Η πρόταση του Συνασπισμού για σχηματισμό κυβέρνησης ευρύτερης δυνατής αποδοχής ώστε να κινηθεί η διαδικασία του νόμου περί ευθύνης υπουργών, απλώς καθυστερεί το σχηματισμό κυβέρνησης Δεξιάς-Αριστεράς. Στόχος του Συνασπισμού, να λάβει για πρώτη φορά στην ιστορία της η ελληνική Αριστερά εντολή σχηματισμού κυβέρνησης, έστω διερευνητική.
Ο Ανδρέας παίρνει την εντολή σχηματισμού κυβέρνησης στην εντατική του Γενικού Κρατικού Νοσοκομείου, όπου νοσηλεύεται από τις 22 Ιουνίου με έντονα αναπνευστικά προβλήματα. Ο Χ. Φλωράκης ξεκαθαρίζει ότι μεταξύ Συνασπισμού και ΠΑΣΟΚ υπάρχει «η ψαροκασέλ
α της κάθαρσης». Το ΠΑΣΟΚ ωστόσο του προσφέρει γη και ύδωρ προκειμένου να αποτρέψει το σχηματισμό κυβέρνησης με τη ΝΔ -- ακόμη και τη μη συμμετοχή του Ανδρέα στο κυβερνητικό σχήμα. Στον Περισσό εκτιμούν ότι το ΠΑΣΟΚ διαλύεται, ενθαρρυμένοι από το 13,15% της ενωμένης Αριστεράς. Όταν στις 30 Ιουνίου ο Χ. Φλωράκης καταθέτει ως άκαρπη τη διερευνητική εντολή, ελάχιστοι γνώριζαν ότι τρεις ημέρες πριν, σε έκτακτη, άτυπη και μυστική συνάντηση των Μητσοτάκη-Φλωράκη-Κύρκου στο σπίτι του προέδρου της ΝΔ, υπήρχε συμφωνία συνεργασίας τους.
Την 1η Ιουλίου δίνεται στον Τζαννή Τζαννετάκη εντολή σχηματισμού κυβέρνησης. Από το Γενικό Κρατικό ο Ανδρέας δηλώνει: «Σήμερα αποκαλύφθηκε η συμπαιγνία και το μέγεθος της αναξιοπιστίας των δυο ηγετών. Είναι μεγάλο λάθος η άνευ όρων παράδοση της ηγεσίας της παραδοσιακής Αριστεράς στην τακτική του Κωνσταντίνου Μητσοτάκη». Στόχος της κυβέρνησης συνεργασίας ΝΔ-Συνασπισμού είναι η κάθαρση που συγκεκριμενοποιείται με το αίτημα για παραπομπή του Α. Παπανδρέου στο Ειδικό Δικαστήριο. Αργότερα, στελέχη του Συνασπισμού αναγνώρισαν τα λάθη που έγιναν με στόχο την «κάθαρση».
Η εισήγηση της προανακριτικής επιτροπής για την παραπομπή του Ανδρέα υπερψηφίζεται, στην ψηφοφορία που έγινε τα ξημερώματα της 28ης Σεπτεμβρίου, από 165 βουλευτές. Το κατηγορητήριο μιλάει για παθητική δωροδοκία και αποδοχή προϊόντων εγκλήματος, καθώς και για ηθική αυτουργία στις υποθέσεις των καταθέσεων των ΔΕΚΟ και τη ρύθμιση του χρέους Καλκάνη. Μιλώντας στη Βουλή, λίγες ώρες πριν από την ψηφοφορία, ο Ανδρέας λέει: «Ήρθα στη Βουλή σήμερα όχι για να απαντήσω στο διάτρητο κατηγορητήριο και τους ποταπούς ισχυρισμούς των κατηγόρων μου. Ήρθα στον κορυφαίο θεσμό της Δημοκρατίας για να συμβάλω στην αποκατάσταση της αλήθειας. ... Βασικός στόχος αυτής της επιχείρησης ήταν και είναι η διάλυση του ΠΑΣΟΚ, η διάσπαση της μεγάλης δημοκρατικής και προοδευτικής παράταξης. Ήταν και είναι η αναίρεση --ή πιο απλά η υποστολή-- της εθνικά υπερήφανης εξωτερικής μας πολιτικής, η ματαίωση των αλλαγών στην κοινωνία και την οικονομία, η παρεμπόδιση του δημοκρατικού εκσυγχρονισμού. ... Γι` αυτό το σκάνδαλο υπάρχουν ασφαλώς πολιτικές ευθύνες. Αναλαμβάνω το μερίδιο της δικής μου πολιτικής ευθύνης. ... Θέλω να επισημάνω με ιδιαίτερη έμφαση και με τον πιο κατηγορηματικό τρόπο ότι η ποινική πλευρά της υπόθεσης δεν με αγγίζει...».
Στο Ειδικό Δικαστήριο για παράβαση καθήκοντος παραπέμπονται και τέσσερις υπουργοί. Ο κύριος στόχος της συμμαχικής αυτής κυβέρνησης επιτυγχάνεται. Ο Συνασπισμός απορρίπτει πρόταση του Ανδρέα για κυβέρνηση συνεργασίας. Το γεγονός επιπλέον ότι η χώρα χρειάζεται μια αποτελεσματική κυβέρνηση, την οποία δεν προσφέρει η υπάρχουσα, οδηγεί αναπόφευκτα σε νέες εκλογές. Στις 5 Νοεμβρίου 1989 ο λαός καλείται πάλι στις κάλπες. Η ΝΔ αυξάνει τη δύναμή της σε 46,2% --χωρίς πάλι να εξασφαλίσει την αυτοδυναμία--, το ΠΑΣΟΚ από 39,1% εξασφαλίζει ποσοστό 40,7% και ο Συνασπισμός βλέπει τις επιλογές του να μην εγκρίνονται από το σύνολο των ψηφοφόρων του: η δύναμή του μειώνεται στο 11%. Οι παρατεταμένες διαπραγματεύσεις για σχηματισμό κυβέρνησης συνεργασίας οδηγούν τελικά στη συμφωνία για σύσταση οικουμενικής κυβέρνησης με πρωθυπουργό τον Ξ. Ζολώτα. Οι τρεις πολιτικοί αρχηγοί (Α. Παπανδρέου, Κ. Μητσοτάκης, Χ. Φλωράκης) δεν μετέχουν στην κυβέρνηση, συγκροτούν ωστόσο ένα άτυπο συμβούλιο του οποίου η συναίνεση είναι απαραίτητη για τις όποιες κυβερνητικές αποφάσεις. Η ιδέα σχηματισμού της οικουμενικής κυβέρνησης, με δεδομένο ότι το θέμα της «κάθαρσης» είχε πια δρομολογηθεί, είναι να διαρκέσει μέχρι τον Απρίλιο του 1990, οπότε η Βουλή θα κληθεί να εκλέξει Πρόεδρο της Δημοκρατίας. Αυτό αποδεικνύεται αδύνατο ωστόσο, λόγω της ασυμφωνίας των κομμάτων για κοινό υποψήφιο. Επί της ουσίας, η διάλυση της Βουλής οφείλεται στην εκτίμηση της ΝΔ ότι έχοντας το προβάδισμα θα μπορέσει να εξασφαλίσει την αυτοδυναμία.
Για τρίτη φορά σε διάστημα μικρότερο του έτους, ο ελληνικός λαός καλείται στις κάλπες. Οι εκλογές της 8ης Απριλίου 1990 καταγράφουν περιορισμένες μετατοπίσεις του εκλογικού σώματος. Η ΝΔ με ποσοστό 46,9% εξασφαλίζει 150 έδρες. Το σχηματισμό αυτοδύναμης κυβέρνησης της εξασφαλίζει η στήριξη του βουλευτή της ΔΗΑΝΑ Θ. Κατσίκη. Πρόεδρος της Δημοκρατίας εκλέγεται ο Κ. Καραμανλής.
Στις 11 Μαρτίου 1991 ξεκινάει στο Ειδικό Δικαστήριο η δίκη για το σκάνδαλο Κοσκωτά. Δέκα μήνες μετά, ξημερώματα της 17ης Ιανουαρίου 1992, ολοκληρώνεται. Η συντριπτική νίκη του ΠΑΣΟΚ στη Β΄ Αθηνών στις επαναληπτικές εκλογές για την κάλυψη της έδρας του Δ. Τσοβόλα, η οποία του αφαιρέθηκε μετά την απόφαση του Ειδικού Δικαστηρίου, δείχνει ότι η επάνοδος στην εξουσία είναι θέμα χρόνου. Στον Τύπο παρατηρείται στροφή. Την τριετία αυτή ο Ανδρέας ασκεί έντονη αντιπολιτευτική κριτική. Κάποιοι μάλιστα κάνουν λόγο για τον τρίτο Ανένδοτό του. Στις 10 Οκτωβρίου 1993 έρχεται η μεγάλη δικαίωση για τον Ανδρέα, με το εκλογικό αποτέλεσμα. Το ΠΑΣΟΚ λαμβάνει ποσοστό 46,88% και 170 έδρες. Ο πρόεδρος του Ειδικού Δικαστηρίου, Βασίλης Κόκκινος, που είχε δικάσει τον Ανδρέα, δηλώνει ότι θα προτιμούσε να μην είχε προχωρήσει σε αυτήν την πράξη...
Οι εκλογές της 10ης Οκτωβρίου 1993 αποτελούν τον δεύτερο γύρο αντιπαράθεσης ΠΑΣΟΚ-ΝΔ, ειδικότερα Α. Παπανδρέου - Κ. Μητσοτάκη μετά την περίοδο 1989-1990. Το ΠΑΣΟΚ παρουσιάζει νέο πρόγραμμα «Για το παρόν και το μέλλον της Ελλάδας: Αναγέννηση παντού», διαφοροποιώντας την εικόνα του από αυτήν της δεκαετίας του ΄80. Μια εύκολη σχεδόν νίκη με ποσοστό 46,8% και 170 έδρες, είναι η δικαίωση του Ανδρέα. Είναι επιπλέον η τελική προσωπική νίκη του Ανδρέα επί του προσωπικού του αντιπάλου Κ. Μητσοτάκη. Η ΝΔ περιορίζεται στο 39,3% και η διασπασμένη Αριστερά καταγράφει απώλειες.
Το 1993 αρχίζει η «δεύτερη ευκαιρία» του ΠΑΣΟΚ, σε μια περίοδο μάλιστα κοσμοϊστορικών αλλαγών. Η βεβαρημένη υγεία του Ανδρέα λειτουργεί, γενικά, ανασταλτικά. Το μεγαλύτερο πρόβλημα είναι ότι η κλονισμένη υγεία του, σε συνδυασμό με την ύπαρξη ενός κύκλου προσωπικών φίλων καθώς και της συζύγου του, Δ. Λιάνη, που εμφανίζονται να αναμιγνύονται στο κυβερνητικό έργο, δίνουν λαβή για έντονη κριτική σε εσωκομματικό επίπεδο. Το διάστημα αυτό, το ΠΑΣΟΚ συνεχίζει την πολιτική λιτότητας. Ο πληθωρισμός πάντως πέφτει σε μονοψήφιο αριθμό, και οι συχνά επικριτικές Βρυξέλλες δικαιώνουν την ελληνική οικονομική πολιτική.
Στην εξωτερική πολιτική το ΠΑΣΟΚ έχει να αντιμετωπίσει το «Σκοπιανό», το οποίο του κληροδότησε η προηγούμενη κυβέρνηση. Στις 16 Φεβρουαρίου 1994 αποφασίζει την επιβολή οικονομικών αντιμέτρων στα Σκόπια. Τον Σεπτέμβριο του 1995 υπογράφεται η ενδιάμεση ή «μεταβατική συμφωνία», μια συμφωνία που χωρίς να επιλύει επί της ουσίας τη διαφορά του ονόματος, εξομαλύνει τις διμερείς σχέσεις. Στο βαλκανικό σκηνικό που ακολουθεί τις ραγδαίες εξελίξεις και μεταβολές μετά την κατάρρευση του υπαρκτού σοσιαλισμού, η ελληνοσερβική προσέγγιση δικαιολογείται λόγω των ερεισμάτων που έχει στην ελληνική κοινή γνώμη. Αναφορικά με την Αλβανία, ύστερα από μια περίοδο δύσκολων εκατέρωθεν προσαρμογών που ακολούθησαν την πτώση του Χότζα, από το 1995 αρχίζει μια νέα περίοδος εξομάλυνσης. Στον τομέα των ελληνοτουρκικών σχέσεων, η Τουρκία προβάλλει βέτο τον Δεκέμβριο του 1993 για να εμποδίσει την ίδρυση του χερσαίου στρατηγείου στη Λάρισα με χώρο ευθύνης όλη την ελληνική επικράτεια και το αεροπορικό υποστρατηγείο χωρίς όμως αυτό να έχει καθορισμένα όρια. Τον Μάρτιο του 1995 η Αθήνα αποσύρει τις επιφυλάξεις της για την τελωνειακή ένωση Τουρκίας-ΕΕ, αφού εξασφαλίζει τη διαβεβαίωση ότι οι ενταξιακές διαπραγματεύσεις της Κύπρου θα ξεκινήσουν αμέσως μετά την ολοκλήρωση της Διακυβερνητικής Διάσκεψης του 1997. Η επικύρωση από την ελληνική Βουλή, τον Μάιο του 1995, του δικαιώματος επέκτασης των χωρικών υδάτων στα 12 ν.μ., προκαλεί σειρά επεισοδίων που κορυφώνονται με την απόφαση, στις 8 Ιουνίου, της τουρκικής Βουλής να εξουσιοδοτήσει την κυβέρνηση της χώρας να προχωρήσει ακόμη και σε κήρυξη πολέμου εάν η Ελλάδα ασκήσει το δικαίωμά της.
Οι σχέσεις με τις ΗΠΑ βελτιώνονται περαιτέρω με κορυφαία τη συμβολικού χαρακτήρα επίσκεψη του Ανδρέα στην Ουάσιγκτον τον Απρίλιο του 1994. Ο παλαιότερος αντιαμερικανισμός του ΠΑΣΟΚ έχει χαθεί, και ο Α. Παπανδρέου, που έζησε τα «καλύτερα του χρόνια» στις ΗΠΑ, αισθά
νεται δικαιωμένος από την έκφραση αμοιβαίου σεβασμού του Μπιλ Κλίντον. Το πρώτο εξάμηνο του 1994 η Ελλάδα αναλαμβάνει την τρίτη προεδρία στην ΕΕ, και την τρίτη επί ΠΑΣΟΚ. Επί της προεδρίας αυτής ολοκληρώνονται οι ενταξιακές διαπραγματεύσεις της Αυστρίας, της Φινλανδίας, της Νορβηγίας και της Σουηδίας. Οι σχέσεις ωστόσο της Αθήνας με την Ευρωπαϊκή Ένωση βαρύνονται πλέον αφενός από τη στάση της Ελλάδας στο βαλκανικό πρόβλημα, αφετέρου από τις ελληνοτουρκικές σχέσεις. Η Αθήνα προωθεί την ενταξιακή προοπτική της Κύπρου. Στην Ευρώπη, η πλειοψηφία των κυβερνήσεων είναι συντηρητικές. Και ο Ανδρέας, στη Σύνοδο Κορυφής στις Κάννες, τον Ιούνιο του 1995, κάνει λόγο για «εθνική μοναξιά», χαρακτηρίζοντας έτσι την εντελώς αρνητική στάση των Ευρωπαίων εταίρων έναντι των ελληνικών εθνικών θεμάτων.
Στις 20 Νοεμβρίου 1995 ο Ανδρέας εισάγεται στο Ωνάσειο με σοβαρό πρόβλημα υγείας. Πολλοί κάνουν λόγο για την ύστατη μάχη του. Είναι η πρώτη φορά που η αντιπολίτευση αντιμετωπίζει με σεβασμό τον άνθρωπο Ανδρέα Παπανδρέου. Η μάχη είναι σκληρή. Εμφανίζεται αποφασισμένος να ζήσει -- όχι όμως και ως πρωθυπουργός. Τα προβλήματα υγείας τροφοδοτούν τη διαδοχολογία. Η πολυήμερη παραμονή του στο Ωνάσειο την εντείνει. Το βράδυ της 15ης Ιανουαρίου 1996 παίρνει τη μεγάλη απόφαση αποδεικνύοντας το μέγεθός του ως ηγέτης, το σεβασμό του στο κόμμα που αυτός ίδρυσε και ανέδειξε στην εξουσία, την υπευθυνότητά του ως πολιτικός. Υπογράφει την επιστολή παραίτησής του, με την οποία συγχρόνως καλεί την Κοινοβουλευτική Ομάδα να εκλέξει τον νέο πρωθυπουργό. «Έβαλα και βάλαμε πάντα πάνω απ` όλα τα συμφέροντα του τόπου και του λαού. Αυτό είναι και τώρα το καθήκον μας» γράφει, δίνοντας το στίγμα της απόφασής του. Ζητάει από «όλα τα στελέχη του ΠΑΣΟΚ να σταθούν στο ύψος των περιστάσεων». Δεν δίνει το χρίσμα σε κάποιο διάδοχο. Ο πολιτικός Ανδρέας Παπανδρέου περνάει στην ιστορία, παραμένοντας ο πρόεδρος-σύμβολο του κόμματος που ίδρυσε.
Στις 21 Μαρτίου 1996 ο