Από το ξεκίνημα της κατοχής οι Γερμανοί προέβησαν σε εκτελέσεις αμάχων ως αντίποινα για την αντίσταση που συνάντησαν στις περιοχές τους. Από τις πρώτες περιπτώσεις μαζικών εκτελέσεων είναι οι σφαγές στα χωριά Κοντομαρί και Κάνδανος των Χανίων. Στις 2 Ιουνίου του 1941 (μία ημέρα μετά την ολοκλήρωση της κατάληψης της Κρήτης) οι Γερμανοί εκτέλεσαν στο χωριό Κοντομαρί 25 άνδρες ηλικίας 18 έως 50 ετών.[16] Στις 3 Ιουνίου 1941 κατέστρεψαν ολοσχερώς το χωριό Κάνδανος ως αντίποινα για την αντίσταση που συνάντησαν από τους κατοίκους του.[17]
Η αύξηση των επιθέσεων από αντάρτες τα τελευταία χρόνια της κατοχής είχε ως αποτέλεσμα την αύξηση του αριθμού των εκτελέσεων και των μαζικών σφαγών αμάχων. Από τα χαρακτηριστικότερα παραδείγματα γερμανικής θηριωδίας υπήρξαν οι σφαγές στα χωριά Καλάβρυτα, Κομμένο και Δίστομο. Στις 16 Αυγούστου 1943, εκτελέστηκαν στο χωριό Κομμένο 317 άνθρωποι, ανάμεσά τους νήπια και παιδιά. [18] Αντίστοιχης αγριότητας υπήρξε η σφαγή των Καλαβρύτων στις 13 Δεκεμβρίου 1943. Το χωριό καταστράφηκε ολοσχερώς και εξοντώθηκε το σύνολο του αντρικού πληθυσμού του.[19] Παρόμοιας αγριότητας υπήρξε και η σφαγή του Διστόμου στις 10 Ιουνίου 1944. Τα αντίποινα των Γερμανών στην περιοχή του Διστόμου είχαν ως αποτέλεσμα την εκτέλεση 218 κατοίκων και το κάψιμο του χωριού. Λόγοι αντιποίνων προκάλεσαν και το ολοκαύτωμα των χωριών του όρους Κέντρους (Γερακάρι, Άνω Μέρος, Βρύσες, Γουργούθοι, Σμιλές, Δρυγιές, Καρδάκι και Κρύα Βρύση), στις 22 Αυγούστου 1944, όπου υπήρξαν μαζικές εκτελέσεις άμαχου πληθυσμού, από τις οποίες έχασαν τη ζωή τους 164 άνθρωποι.[20]
Πολλές ακόμα παρόμοιες περιπτώσεις περιλαμβάνονται στον μακρύ κατάλογο των γερμανικών εγκλημάτων. Από τον Οκτώβριο του 1941 οι Γερμανοί είχαν προβεί στις πρώτες πράξεις αντιποίνων στην ηπειρωτική Ελλάδα με την ομαδική εξόντωση των κατοίκων των χωριών Άνω και Κάτω Κερδύλια (17 Οκτωβρίου 1941), Μεσόβουνο Κοζάνης (23 Οκτωβρίου 1941) και Κλειστό, Κυδωνία και Αμπελόφυτο Κιλκίς (25 Οκτωβρίου 1941).[21] Aπό 14 μέχρι 16 Σεπτεμβρίου του 1943 εκτελέστηκαν 401 κάτοικοι των επαρχιών Βιάννου και Ιεράπετρας[22] Τον Οκτώβριο του 1943 σε επιχειρήσεις μεγάλης έκτασης των Γερμανών στα ορεινά των Τρικάλων οι κατακτητές προκάλεσαν μεγάλες καταστροφές στα χωριά κοντά στον Αχελώο (Ασπροπόταμος) και εκτέλεσαν μεγάλο αριθμό αμάχων. Στις 18 Δεκεμβρίου 1943 οι Γερμανοί εκτέλεσαν 133 κατοίκους στη Δράκεια Πηλίου.[23] Στις 5 Απριλίου 1944 εκτέλεσαν 270 άμαχους στο χωριό Κλεισούρα Καστοριάς[24] και λίγες μέρες αργότερα, στις 23 Απριλίου 1944, εκτέλεσαν 318 άμαχους στους Πύργους Κοζάνης. Στις 17 Αυγούστου, στο μπλόκο της Κοκκινιάς εκτελέστηκαν περισσότεροι από 200 Έλληνες και ένας μεγάλος αριθμός μεταφέρθηκε στο στρατόπεδο συγκέντρωσης Χαϊδαρίου. Στις 13 Αυγούστου οι Γερμανοί πυρπόλησαν τα Ανώγεια στην Κρήτη και εκτέλεσαν το μεγαλύτερο μέρος του πληθυσμού τους, ενώ στις 2 Σεπτεμβρίου επιχειρήσεις τους στην Κεντρική Μακεδονία κατέληξαν στη σφαγή του Χορτιάτη. Πολλά ακόμα χωριά και πόλεις της Ελλάδας αντιμετώπισαν αντίστοιχες πράξεις των Γερμανών και απέκτησαν τα επόμενα χρόνια τον χαρακτηρισμό του μαρτυρικού οικισμού.
Συχνά χρησιμοποιήθηκαν ως πράξεις αντιποίνων μαζικές εκτελέσεις κρατουμένων. Το σκοπευτήριο της Καισαριανής υπήρξε τόπος εκτέλεσης κρατουμένων αγωνιστών. Τραγικότερη στιγμή υπήρξε η μαζική εκτέλεση 200 αγωνιστών της αντίστασης την Πρωτομαγιά του 1944. .[25] Στις 25 Απριλίου 1944 εκτελέστηκαν μαζικά 134 αγωνιστές στη θέση Καρακόλιθος. Οι 110 ήταν κρατούμενοι στις φυλακές Λιβαδειάς. Παρόμοιες μαζικές εκτελέσεις υπήρξαν στο Χαϊδάρι, στα Διαβατά Θεσσαλονίκης, στη Ριτσώνα της Βοιωτίας, στη Λαμία και σε πολλές ακόμα περιοχές της Ελλάδας.