Όταν δε ο Θεοδόσιος ο Μέγας το 386 εξέδωσε διάταγμα περί καταργήσεως της λατρείας των ειδώλων, οι Χριστιανοί υπό την καθοδήγηση ορισμένων φανατικών μοναχών επιδίδονταν εις την καταστροφή των αγαλμάτων, των Εθνικών χειρογράφων ενώ μεταδίδονταν εκείνα του Λουκιανού που σατίριζαν τους αρχαίους θεούς. Οι ναοί μετατρέπονταν σε ερείπια ή εκκλησίες και τα αγάλματα συντρίβονταν. Ακόμη και σήμερα στο μουσείο Αλεξανδρείας υπάρχουν αγάλματα που φέρουν επί αυτών χαραγμένους σταυρούς δια οξέων οργάνων. Ήταν ένα μέσο αυτό των Εθνικών ώστε να τα γλιτώσουν από την καταστροφική μανία των Χριστιανών της εποχής.
Όταν ανακοινώθηκε δημόσια το διάταγμα του αυτοκράτορα το 389 ο «λιθομανής και χρυσολάτρης» Πατριάρχης Θεόφιλος, όπως τον αποκαλεί ο Άγιος Ισίδωρος ο Πηλουσιώτης (!!!), ερέθιζε τους χριστιανούς και τους μοναχούς της ερήμου και επιδόθηκε σε καταστροφές. Το ιερό του Διονύσου (Μιθραίο) μετασκεύαζε εις εκκλησία. Αποκάλυψε τα άδυτα και έβριζε τα μυστήρια των Εθνικών διαπομπεύοντας δημόσια τους φαλλούς και άλλα «επαίσχυντα» αντικείμενα της λατρείας του Διονύσου και των Εθνικών άδυτων. Φυσικά οι Εθνικοί αγανακτισμένοι επαναστάτησαν και συνέλαβαν διάφορους Χριστιανούς και αφού τους κατακρεούργησαν άγρια και με σκληρότατα μέσα τους βασάνισαν και τους σκότωσαν. Αρχικά οχυρώθηκαν στο ναό όπου από εκεί εφορμούσαν συλλαμβάνοντας πολλούς αιχμαλώτους που τους υπέβαλλαν σε σταύρωση και σε άλλα βασανιστήρια. Μεταξύ των επαναστατών βρίσκονταν και άνδρες διαπρεπείς φιλόλογοι και φιλόσοφοι, εκ φανατισμού εκδικούμενοι την δική τους υβρισθέντα θρησκεία. Ο λεξικογράφος Ελλάδιος, ιερέας του Δία από την Ελλάδα καυχήθηκε ότι έσφαξε με τα ίδια του τα χέρια 9 χριστιανούς. Το αυτό έπραξε και ο συνάδελφός του Αμμώνιος. Ο ύπαρχος Ευάγριος και ο στρατιωτικός διοικητής Ρωμανός μάταια επενέβησαν. Οι επαναστάτες ερεθιζόμενοι από ένα Ολύμπιο φιλόσοφο, έχοντας όμως και συνείδηση του μεγέθους της ενοχής των κλείστηκαν στο Σαράπειο για να αμυνθούν. Ο αυτοκράτορας ειδοποιήθηκε και διέταξε να συγχωρεθούν οι Εθνικοί του Σαραπείου με τον όρο να γίνουν χριστιανοί. Τους δε παθόντας χριστιανούς μακάριζε ως μάρτυρες. Ταυτόχρονα διέταξε να κατεδαφιστούν οι Εθνικοί ναοί. Οι Εθνικοί πτοήθηκαν και εκκένωσαν το Σαράπειο το οποίο αφού το κατέλαβαν οι Χριστιανοί μαινόμενοι με τον Θεόφιλο το κατέστρεψαν. Την καταστροφή αυτή περιγράφει μακροσκελώς ο Σοζωμενός (εκκλ. Ιστορ. Ζ’ ιε΄). Ο δε Θεοδώρητος προσθέτει άλλα τινά. Το οικοδόμημα πάντως του Σαραπείου καθ’ ότι στερεότατο έπαθε ελάχιστες ζημιές.